2025 세제개편안 ‘관세’ 관련 주요 변화 총정리

📢 2025 세제개편안 속 ‘관세’ 관련 주요 변화 총정리

 

안녕하세요. 오늘은 2025년 세제개편안 중 '관세' 관련 주요 개정사항을 한눈에 정리해 드리겠습니다.

이번 개편안은 납세자 권익 보호, 수출입 물품 관리 강화, 행정 절차 간소화 등을 목표로 하고 있습니다.

각 개편안 별로 적용시기가 각각 상이하니 관련 내용 상세히 확인해주시기 바랍니다.

 

-향후 추진 일정-

 

ㅇ 7월31일(목) : 2025년 세제개편안 발표

ㅇ 8월1일(금)～8월14일(목) : 입법예고(14일간)

ㅇ 8월21일(목) : 차관회의

ㅇ 8월26일(화) : 국무회의

ㅇ 9월3일(수) 이전 : 정기국회 제출

 

1️⃣ 관세조사 중복조사 금지 대상 구체화

 

납세자가 동일한 사안으로 반복 조사받는 일을 방지해 권익을 보호

• 현행: 필요 최소한의 범위에서 조사하며, 다른 목적의 조사권 남용 금지
• 개정: ‘중복조사 금지’의 범위를 보다 명확하게 규정
  * 조사받은 범위는 사전 통지된 기간·대상에 한정
  * 기존 예외 사유(탈루 혐의 명백, 행정심판 결정, 세관공무원에 대한 금품 제공 등)는 동일
• 적용시기: 2026년 1월 1일 이후 조사부터 적용
  
  

2️⃣ 관세조사 사전통지 기간 합리화

납세자 권익 제고를 위해 관세조사 사전통지 기간을 20일로 연장

• 현행: 조사 시작 15일 전 통지
• 개정: 15일 → 20일로 연장(불복청구로 인한 재조사는 7일)
  * 증거인멸 우려 시에는 사전통지 생략 가능하며, 조사 시작일에 바로 통지
  * 조사대상 변경 시 변경사유 통지 의무 신설
• 적용시기: 2026년 1월 1일 이후 통지 건부터 적용
  
  

3️⃣ 사전심사 시 가산세 감면 사유 확대

납세자 권익 제고를 위해 가산세 감면 사유에 과세가격 사전심사에 품목분류 사전심사 결과도 포함하도록 확대

• 현행: 과세가격 사전심사 결과 통보 후 2개월 내 수정신고 시 가산세 감면
• 개정안: 품목분류 사전심사 결과도 포함
  단, 사전심사 신청 이후 해당 물품을 수입신고한 경우로 한정
• 적용시기: 2026년 1월 1일 이후 수정신고 건부터 적용
  
  

4️⃣ 보세공장 혼용비율·원료 과세 신청 절차 통합

 

납세편의를 제고하기 위하여 혼용비율 과세, 원료 과세 신청을 각각 규정하고 있던 바를 수입신고 전에 신청할 수 있도록 절차 통합

• 현행: 혼용비율 과세, 원료 과세 신청 각각 별도 절차
• 개정안: 신청 시점을 ‘수입신고 전’으로 통일하여 절차 간소화
• 적용시기: 2026년 1월 1일 이후 수입신고 건부터 적용
  
  

5️⃣ 소액화물 상표권 보호 간이절차 신설

 

해외직구 물품 관리 효율화를 위하여 소액화물의 통관보류, 유치 등 관련 절차를 신설

• 신설 내용: 통관보류·유치, 담보제공 절차 간소화 가능
  상표권자나 수출입신고인에게 침해 의심 사실 신속 통보
  침해자료 제출 간소화, 결정 즉시 통보

• 적용시기: 2026년 4월 1일 이후 수출입 신고 건부터 적용

6️⃣ 특송화물 실제 배송지 제출자 확대

 

특송화물 위험관리를 강화하기 위하여 탁송품 실제 배송지의 제출의무를 실제 배송한 자도 제출가능하도록 확대

• 현행: 탁송품 운송업자만 제출 가능
• 개정안: 실제 배송한 자도 제출 가능하도록 확대
• 적용시기: 2026년 1월 1일 이후 수입신고 건부터 적용

 

7️⃣ 불법·유해물품 정보수집 범위 확대

 

수출입 물품의 위험관리를 강화하기 위하여 기관이 수집할 수 있는 정보의 범위를 확대

• 현행: 법정 조건 위반 물품, 위반자 정보 수집
• 개정안: 관계기관이 수출입 허가를 반려한 경우의 관련자 정보까지 포함
• 적용시기: 2026년 1월 1일 이후 정보 요청 건부터 적용

 

8️⃣ 마약류·유해물품 은닉 의심자 신체검색 근거 신설

 

유해물품 단속과 관련한 규정을 명확화 하기 위하여 근거 규정 신설

• 신설 내용: 마약류, 무기류, 유해물품 은닉 의심 시 제시 요구 가능 / 불응 시 신체검색 가능
• 적용시기: 법 시행일 이후 즉시
  
  

9️⃣ 관세환급 증명서 자율발급 절차 신설

 

수출기업의 편의를 제고하기 위하여 관세환급 관련 증명서를 세관 심사 없이 자율발급 가능하도록 하는 절차 신설

• 현행: 세관 심사 후 발급
• 개정안: 세관 지정 신청 후 자율발급 가능(유효기간 3년) / 원재료 수입자, 관세사 등 지정 가능
• 적용시기: 시행일 이후 신청 건부터 적용

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이번 개정은 납세자 권익 보호와 절차 간소화, 그리고 수출입 물품의 안전관리 강화라는 두 가지 축으로 요약할 수 있습니다.
2026년 1월부터 적용되는 조항이 많으니, 기업과 무역 실무자분들은 사전에 절차와 요건을 확인해 두시는 것이 좋겠습니다.